Die erste Urkundliche Erwähnung weist Geisenhausen als Besitz der Domkanoniker von Augsburg aus. Da sie selbst die weltliche Gerichtsbarkeit nicht ausüben durften, brachten sie einen Vogt als weltlichen Richter. Die Vogtei ging von den Grafen von Steffling auf die Edlen von Haarbach über, dann auf die Grafen von Hals anschließend auf die Grafen von Ortenburg und später auf die Herren von Fraunhofen. Hedwig vo Fraunhofen verkaufte die Vogtei schließlich um 10.000 Gulden im Jahr 1393 an die Wittelsbacher Herzöge in Landshut. Unter den herzoglichen Zuständigkeit spricht man dann nicht mehr von einer Vogtei, sondern von einem Pfleggericht oder Landgericht. Das Geisenhausener Gericht umfasste folgende Orte: Geisenhausen, Soling, Gaindorf, Frauenhaarbach, Haarbach, Hörlkam, Hagenau, Irlberg, Untergangkofen, Narrenstetten, Haunersdorf, Armannsberg, Allkofen, Fimbach, Ringstetten und Salksdorf. Im Jahre 1760 wurde es mit dem Landgericht Vilsbiburg zusammengelegt und gemeinsam verwaltet.
Das Pfleggericht hatte unter anderem folgende Aufgaben:
Bestrafung von Raufereien und von feiertäglicher Arbeit, Verbriefung von Verkauf- und Grundverträgen, Ausstellung von Heiratsbriefen und Prüfung von Kirchenrechnungen. Die Blutgerichtsbarkeit war für Geisenhausen nicht gegeben; das heißt der Geisenhausener Vogt konnte kein Todesurteil fällen. Von etwa 1410 bis 1760 gab es in Geisenhausen eine Vogtei, das ist die weltliche Gerichtsbarkeit für die geistliche Grundherrschaft des Augsburger Domkapitels (Propstei Geisenhausen). Unter den Herzögen wird die Vogtei als Pfleggericht oder Landgericht bezeichnet (kleiner Landkreis).
Genau 625 Jahre waren die Augsburger Domherren die Besitzer des Herrschaftsgebietes Geisenhausen. Im Jahre 1605 kaufte das Stift St. Martin und Kastulus in Landshut für 17.000 Gulden die Grundherrschaft über Geisenhausen. Nach 200 Jahren wurde der Ort durch die Säkularisation kurfürstlich bayerischer Markt, ab 1806 königlich bayerisch.